Um apt hinter einem Proxy nutzen zu können müssen lediglich Umgebungsvariablen gesetzt werden.

export http_proxy=http://USERNAME:PASSWORT@PROXYSERVER:PORT
export https_proxy=http://USERNAME:PASSWORT@PROXYSERVER:PORT
export ftp_proxy=http://USERNAME:PASSWORT@PROXYSERVER:PORT

Ein Beispiel:

export http_proxy=http://edvler:edvlerpasswort@proxyserver:3128

Diese Befehle können auch in die .profiles oder in die .bash_rc eines Benutzers übernommen werden. So ist die Proxykonfiguration bei jedem Anmelden gleich hinterlegt.

Weitere Informationen zu Thema gibt es mit

man sources.list